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Messkunst „Made in Germany" – dafür stehen die 2.100 Mitarbeitenden der Physikalisch-Technischen Bundesanstalt (PTB). Als nationales Metrologieinstitut und führende Forschungseinrichtung entwickeln wir in einem internationalen Arbeitsumfeld weltweit führende Standards für das Messen. So sorgen wir dafür, dass Menschen und Organisationen Messungen vertrauen können.

In Braunschweig suchen wir Sie für den Fachbereich 3.2 „Biochemie“ als:

 

Doktorandin / Doktorand (m/w/d)
Computational Metabolomics und Proteomics – Bioinformatik

Entgeltgruppe 13 TVöD Bund ○ befristet für 3 Jahre ○ 33,15 Wochenstunden

 

Ihre Aufgaben:

Die neu gegründete Bioinformatik-Gruppe sucht Sie im Bereich „Computergestützte Metabolomik und Proteomik“. Sie bringen Interesse an Bioinformatik, Systembiologie und Methodenentwicklung zur Standardisierung und Interpretation biologischer Daten mit. Unser Ziel ist die Entwicklung robuster, quelloffener und reproduzierbarer Workflows für praxisnahe Anwendungen in der biologischen und klinischen Forschung. Die Stelle ist am Braunschweig Integrated Centre of Systems Biology (BRICS) auf dem Campus der TU Braunschweig angesiedelt. Sie unterstützen uns mit folgenden Tätigkeiten:

  • Entwicklung, Implementierung und Testen von Berechnungswerkzeugen oder Arbeitsabläufen für die Standardisierung und Robustheit von massenspektrometriebasierten Omics-Daten
  • Zusammenarbeit mit experimentellen und klinischen Forschenden zur Validierung von Berechnungswerkzeugen und -methoden
  • Beitrag zu Open-Source-Softwareprojekten oder Community-Standards
  • Publikation und Präsentation der wissenschaftlichen Ergebnisse

 

Ihr Profil:

  • Abgeschlossenes Hochschulstudium (Diplom/Master) der Fachrichtung Bioinformatik, Computational Biology, Systembiologie, Informatik, Biochemie, Molekularbiologie oder vergleichbar
  • Nachgewiesene Programmiererfahrung in R, Python oder ähnlichen Sprachen (z. B. via GitHub-Projekte, veröffentlichte Pipelines oder Analyseskripte); Kenntnisse in Bioconductor, tidyverse und quarto sind von Vorteil
  • Kenntnisse in massenspektrometriebasierter Metabolomik/Proteomik oder Omics-Datenanalyse sind von Vorteil
  • Erfahrungen im Bereich maschinelles Lernen oder Deep Learning sind von Vorteil.
  • Erfahrungen in reproduzierbarer Wissenschaft, Open-Source-Entwicklung und FAIR-Datenprinzipien
  • Eine kooperative, strukturierte, zielorientierte und proaktive Arbeitsweise
  • Ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeit
  • Englischkenntnisse (C1-Niveau), Deutschkenntnisse sind von Vorteil
  • Bereitschaft zu Dienstreisen im In- und Ausland

 

Wir bieten:

  • Exzellentes Umfeld: Sie arbeiten an der Spitze der computergestützten Omics-Forschung in einem kooperativen und unterstützenden Umfeld. Sie führen Ihre Forschung an der PTB und der TU Braunschweig durch, zwei führenden Institutionen, die eine hervorragende Infrastruktur und wissenschaftliche Netzwerke bieten. Nutzen Sie modernste Forschungseinrichtungen, umfangreiche Datensätze und Hochleistungsrechner.
  • Promotionsbetreuung: Sie forschen in einem international renommierten Team und profitieren von hervorragender Infrastruktur. Sie erhalten exzellente Betreuung und Schulungen sowohl in technischer Hinsicht als auch für Softskills. Bei uns können Sie sich vollkommen auf Ihre Promotion fokussieren und müssen keine Lehre übernehmen. Sie haben die Möglichkeit, sich national und international zu vernetzen, u. a. auf wissenschaftlichen Konferenzen und Workshops.
  • Work-Life-Integration: Wir bieten flexible Arbeitszeitgestaltung und -bedingungen (Teilzeit, Gleitzeit, Homeoffice, Telearbeit, Gleittage) zur Vereinbarkeit von Familie, Pflege und Beruf in jeder Lebensphase.
  • Transparente Konditionen: Entgelt nach TVöD Bund, 30 Tage Urlaub, eine Betriebsrente für Tarifbeschäftigte sind einige der Vorteile bei uns.
  • Standortvorteil: Der attraktive Campus mit unkomplizierter Verkehrsanbindung ist auch sehr gut mit direkter Busverbindung zu erreichen. Kostenfreie Parkplätze sind vorhanden.
  • Jobticket: Der Schutz von Umwelt und Klima ist uns wichtig. Für Ihren Weg zur Arbeit mit öffentlichen Verkehrsmitteln bieten wir das Deutschlandticket Job an und übernehmen einen Teil der Kosten.
  • Familienorientierung: Ob Kita, Eltern-Kind-Büros oder Betreuung während der Ferienzeit: Wir haben verschiedene Angebote, die dabei helfen, den Spagat zwischen Familie und Beruf zu meistern.
  • Inklusion: Für Menschen mit Behinderung bieten wir eine inklusive Unternehmenskultur sowie integrative Maßnahmen.
  • Weiterbildungsmöglichkeiten: Wir wollen Sie weiterbringen und ermöglichen im Rahmen der Kompetenzerweiterung zahlreiche Aus- und Weiterbildungsmöglichkeiten.
  • Gesundheitsangebote: Ihre Gesundheit liegt uns am Herzen, daher bieten wir gesundheitsfördernde und -erhaltende Maßnahmen wie Betriebssport, mobile Massage und Rückenkurse.
  • Mensa: Das kulinarische Angebot der Universitätsmensa, die auf dem TU-Campus liegt, bietet jeden Tag vielfältige Gerichte – auch vegetarisch/vegan. Zudem sind Cafés, Restaurants und Supermärkte in unmittelbarer Nähe.

 

Das ist uns wichtig:

Die PTB fördert die Gleichstellung von Frauen und Männern und ist besonders an der Bewerbung von Frauen interessiert. Gleichzeitig sind wir bestrebt, die gesellschaftliche Vielfalt widerzuspiegeln. Daher ist jede Bewerbung, unabhängig von ihrem Geschlecht, ihrer kulturellen oder sozialen Herkunft, Religion, Weltanschauung oder sexuellen Identität herzlich willkommen. Schwerbehinderte oder ihnen gleichgestellte Menschen werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt.

 

Ihre Bewerbung:

Fachliche Fragen zu dieser Position beantworten Ihnen im Fachbereich 3.2:

Dr. Thomas Naake, Tel.: 0531 592-3240, E-Mail: thomas.naake@ptb.de.

 

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung bis zum 22. September 2025 unter der Kennziffer 25-157-3B. Bitte nutzen Sie dafür den Button „ONLINE BEWERBEN“ – dieser führt Sie direkt zu unserem Bewerbungsportal, wo Sie Ihre Unterlagen (Lebenslauf, Zeugnisse, Motivationsschreiben) hochladen können. Bewerbungen per E-Mail können wir nicht berücksichtigen.

 

English version:

The art of measurement — made in Germany. Striving to perfect it is the mission of the 2,100 employees of PTB, the Physikalisch-Technische Bundesanstalt. As Germany’s national metrology institute and a leading center of research, we operate in an international environment to develop world-class measurement standards. We at PTB work to ensure that people and organizations can trust the measurements they use.

At our Braunschweig site, we are looking to fill the following position in Department 3.2 (Biochemistry):

 

Doctoral candidate in computational metabolomics and proteomics – bioinformatics

Remuneration Group 13 TVöD Bund ○ Three-year fixed term ○ Part-time (33.15 hours/week)

 

Your tasks:

You will join the newly founded bioinformatics group in the field of computational metabolomics and proteomics. You are interested in bioinformatics, systems biology and method development for standardizing and interpreting biological data. Our objective is to develop robust, open-source and reproducible workflows for practical applications in biological and clinical research. The post is located at the Braunschweig Integrated Centre of Systems Biology (BRICS) on the TU Braunschweig campus. You will support us by performing the following activities:

  • Developing, implementing and testing calculation tools or workflows for the standardization and robustness of mass-spectrometry-based omics data
  • Collaborating with experimental and clinical researchers for validating calculation tools and methods
  • Contributing to open-source software projects or community standards
  • Publishing and presenting the research results

 

Your profile:

  • You have successfully completed your university studies (master’s degree or German Diplom) in bioinformatics, computational biology, systems biology, computer science, biochemistry, molecular biology or a comparable discipline.
  • You have proven programming experience in R, Python or similar languages (e.g., via GitHub projects, published pipelines or analysis scripts). You ideally have knowledge of Bioconductor, tidyverse and quarto.
  • You ideally have knowledge of mass-spectrometry-based metabolomics/proteomics or omics data analysis.
  • You ideally have experience in the field of machine learning or deep learning.
  • You have experience with reproducible science, open-source development and FAIR data principles.
  • You work in a cooperative, structured, targeted and proactive manner.
  • You are a strong team player with excellent communication skills.
  • You have achieved C1 level in English. German language skills would be an advantage.
  • You are willing to travel for work both in Germany and abroad.

 

We offer:

  • Excellent environment: You will work at the forefront of computational omics research in a cooperative and supportive environment. You will conduct your research at PTB and TU Braunschweig, two leading institutions that offer an excellent infrastructure and scientific networks. You can make use of the most modern research institutions, extensive datasets and high-performance computers.
  • Support for your doctoral work: You will carry out research as part of an internationally renowned team and will benefit from PTB’s excellent infrastructure. You will receive excellent supervision and training both in terms of technical aspects as well as soft skills. At PTB, you will be able to concentrate on your doctoral work without having to give lectures. You will have the opportunity to network with your peers at the national and international levels, for example, at scientific conferences and workshops.
  • Work-life integration: We offer flexible working arrangements and conditions (part time, flextime, work from home, telework, compensation days) to help you manage your family, care and career responsibilities in all of life’s phases.
  • Transparent terms: Remuneration in accordance with Germany’s collective agreement for federal-level public service employees (TVöD Bund), 30 days of paid vacation and an employment-based pension plan for employees covered by the collective agreement are just some of the benefits of working at PTB.
  • Location benefits: The attractive campus offers an easy commute for drivers and cyclists as well as very good direct bus services. Free parking is available.
  • Jobticket: We take environmental and climate protection seriously. To encourage commuting by public transportation, we offer a subsidy towards the cost of the Deutschlandticket Job.
  • Family friendliness: From daycare and dedicated parent-child offices to school holiday childcare, we offer a variety of ways to help you master the family-work balancing act.
  • Inclusion: For people with disabilities, we offer an inclusive corporate culture and a range of integrative programs.
  • Learning opportunities: We want to help you get ahead by offering a wide range of training and development programs to expand and enhance your skills.
  • Health options: Your health is important to us, which is why we offer health promotion and maintenance programs, including workplace sports, a mobile massage service and back care classes.
  • Canteen: Situated on the TU campus, the university canteen offers a wide variety of culinary choices every day, including vegetarian/vegan options. Cafés, restaurants and supermarkets are also close by.

 

This is important to us:

PTB promotes gender equality and strongly encourages applications from female candidates. At the same time, we strive to reflect the diversity of our society. We therefore welcome every application submitted, regardless of the candidate’s gender, cultural or social background, religion, ideology or sexual identity. If equally suited to the position, disabled persons or persons having equivalent status under German law will be given preference.

 

Your application:

For subject-related questions concerning this position, please contact Department 3.2:

Dr. Thomas Naake, phone: +49 531 592-3240, email: thomas.naake@ptb.de.

 

We look forward to receiving your application by 22 September 2025 under Ref. No. 25-157-3B. Please click on the following button: ONLINE BEWERBEN. This will directly lead you to our application portal where you can upload your documents (CV, certificates, letter of motivation). Unfortunately, we cannot accept applications sent via email.